COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 18.735969 18.735969 18.304702
2021-03-04 17:00:00 20.378425 20.378425 18.310175
2021-03-03 17:00:00 18.023336 18.023336 18.135079
2021-03-02 17:00:00 16.231033 16.231033 17.928692
2021-03-01 17:00:00 19.579563 19.579563 17.798602
2021-02-28 17:00:00 16.711185 16.711185 17.542944
2021-02-27 17:00:00 17.164843 17.164843 17.294006

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 9.448662 16.240343 14.272625
2021-03-04 17:00:00 23.105902 23.105902 13.855053
2021-03-03 17:00:00 22.541306 22.541306 13.430221
2021-03-02 17:00:00 11.061151 24.055755 13.091870
2021-03-01 17:00:00 4.203633 4.203633 12.166578
2021-02-28 17:00:00 7.593583 7.593583 11.840188
2021-02-27 17:00:00 12.965668 12.965668 11.497400

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 16.683622 16.683622 13.825966
2021-03-04 17:00:00 17.453505 17.453505 13.795623
2021-03-03 17:00:00 15.856777 15.856777 13.926043
2021-03-02 17:00:00 14.121037 14.121037 13.991258
2021-03-01 17:00:00 7.129278 7.129278 13.663343
2021-02-28 17:00:00 11.373874 11.373874 13.494038
2021-02-27 17:00:00 13.714286 13.714286 13.359486

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 9.785472 9.785472 8.399521
2021-03-04 17:00:00 9.354305 9.354305 8.353472
2021-03-03 17:00:00 9.087317 9.087317 8.261434
2021-03-02 17:00:00 5.049505 5.049505 8.122047
2021-03-01 17:00:00 10.965868 6.512832 7.982596
2021-02-28 17:00:00 9.667674 9.667674 7.939360
2021-02-27 17:00:00 8.151700 8.151700 7.994567

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 16.824532 16.824532 16.880670
2021-03-04 17:00:00 17.024925 17.024925 16.805924
2021-03-03 17:00:00 15.923374 15.923374 16.759374
2021-03-02 17:00:00 18.940937 18.940937 16.480742
2021-03-01 17:00:00 20.148778 20.148778 16.096069
2021-02-28 17:00:00 14.674536 14.674536 15.774842
2021-02-27 17:00:00 15.083418 15.083418 15.399450

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 40.218065 31.718498 34.546537
2021-03-04 17:00:00 30.340963 30.340963 34.352498
2021-03-03 17:00:00 33.405876 33.405876 33.872897
2021-03-02 17:00:00 35.533879 44.278000 33.802324
2021-03-01 17:00:00 68.558606 36.546580 34.100805
2021-02-28 17:00:00 35.251216 35.251216 34.066794
2021-02-27 17:00:00 33.272251 33.272251 33.727308

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 20.300937 20.300937 17.024963
2021-03-04 17:00:00 18.498274 18.498274 17.059671
2021-03-03 17:00:00 19.862425 19.862425 16.914705
2021-03-02 17:00:00 15.100883 15.100883 16.622475
2021-03-01 17:00:00 18.756816 5.777628 16.123386
2021-02-28 17:00:00 18.522542 18.522542 15.973938
2021-02-27 17:00:00 18.787635 18.787635 15.595579

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 7.073612 7.073612 7.096483
2021-03-04 17:00:00 8.701876 8.701876 7.068301
2021-03-03 17:00:00 7.535197 7.535197 6.990470
2021-03-02 17:00:00 5.439311 6.040268 6.838539
2021-03-01 17:00:00 9.786277 5.322864 6.715786
2021-02-28 17:00:00 6.818182 6.818182 6.673724
2021-02-27 17:00:00 7.032106 7.032106 6.556109

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 13.223787 13.223787 12.619042
2021-03-04 17:00:00 14.541623 12.328767 12.752712
2021-03-03 17:00:00 13.161660 13.161660 12.616524
2021-03-02 17:00:00 12.602842 12.602842 12.575918
2021-03-01 17:00:00 13.739440 13.739440 12.796522
2021-02-28 17:00:00 12.326044 9.274495 12.898302
2021-02-27 17:00:00 13.033791 13.033791 13.008575

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 31.996561 31.996561 31.449103
2021-03-04 17:00:00 31.602736 31.602736 31.071715
2021-03-03 17:00:00 32.208266 32.208266 30.697045
2021-03-02 17:00:00 37.199644 37.199644 30.349399
2021-03-01 17:00:00 28.162512 28.162512 29.934431
2021-02-28 17:00:00 26.627933 26.627933 29.368039
2021-02-27 17:00:00 31.014579 31.014579 28.678015

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 21.953826 21.953826 16.422250
2021-03-04 17:00:00 23.342647 23.342647 15.990529
2021-03-03 17:00:00 15.881984 15.881984 15.871479
2021-03-02 17:00:00 8.234127 8.234127 15.504130
2021-03-01 17:00:00 24.545955 10.354034 15.334201
2021-02-28 17:00:00 22.826087 22.826087 15.062239
2021-02-27 17:00:00 13.491124 13.491124 14.895992

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 16.193853 16.193853 10.891628
2021-03-04 17:00:00 7.865169 7.865169 10.758656
2021-03-03 17:00:00 8.985283 8.985283 10.610132
2021-03-02 17:00:00 3.742204 3.742204 10.203204
2021-03-01 17:00:00 18.303571 18.303571 10.167385
2021-02-28 17:00:00 13.846154 13.846154 9.924123
2021-02-27 17:00:00 8.213820 8.213820 9.747828

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 63.888889 63.888889 58.152534
2021-03-04 17:00:00 55.482456 55.482456 59.565263
2021-03-03 17:00:00 69.825436 69.825436 61.042612
2021-03-02 17:00:00 100.425532 54.629630 63.618434
2021-03-01 17:00:00 63.350785 29.051621 64.688387
2021-02-28 17:00:00 52.314815 52.314815 65.550948
2021-02-27 17:00:00 75.714286 75.714286 66.999868

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 59.183673 59.183673 70.221142
2021-03-04 17:00:00 62.397820 62.397820 73.082554
2021-03-03 17:00:00 52.500000 84.597156 74.981015
2021-03-02 17:00:00 47.311828 47.311828 76.306148
2021-03-01 17:00:00 15.489130 91.032609 79.017647
2021-02-28 17:00:00 74.772727 74.772727 80.550930
2021-02-27 17:00:00 59.098787 85.786164 81.889898

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 16.878604 16.878604 20.554251
2021-03-04 17:00:00 41.553212 41.553212 20.354125
2021-03-03 17:00:00 19.730424 19.730424 20.089891
2021-03-02 17:00:00 16.203424 16.203424 19.590776
2021-03-01 17:00:00 25.920108 25.920108 19.335241
2021-02-28 17:00:00 18.969506 18.969506 18.926683
2021-02-27 17:00:00 17.064062 17.064062 18.470381

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 27.175163 27.175163 24.346733
2021-03-04 17:00:00 31.193059 24.360087 24.448753
2021-03-03 17:00:00 26.682184 26.682184 24.299626
2021-03-02 17:00:00 15.975591 21.603893 23.662815
2021-03-01 17:00:00 21.986063 23.104113 23.748875
2021-02-28 17:00:00 53.262519 22.841649 23.974800
2021-02-27 17:00:00 23.528179 23.528179 23.949103

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 3.641571 3.641571 3.905473
2021-03-04 17:00:00 4.612756 4.612756 3.911633
2021-03-03 17:00:00 4.263402 4.263402 3.872921
2021-03-02 17:00:00 3.399709 3.399709 3.786111
2021-03-01 17:00:00 3.602882 3.780069 3.853526
2021-02-28 17:00:00 3.725206 3.725206 3.900138
2021-02-27 17:00:00 3.878734 3.878734 3.913573

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 11.988912 10.615668 10.703679
2021-03-04 17:00:00 12.436154 11.386743 10.727694
2021-03-03 17:00:00 10.933063 10.933063 10.716476
2021-03-02 17:00:00 12.382411 11.480730 10.629642
2021-03-01 17:00:00 9.719398 9.719398 10.556705
2021-02-28 17:00:00 9.320988 9.320988 10.454557
2021-02-27 17:00:00 10.349650 10.349650 10.399499

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 9.608930 9.608930 9.161211
2021-03-04 17:00:00 9.512476 9.512476 9.072238
2021-03-03 17:00:00 8.772724 8.772724 9.037429
2021-03-02 17:00:00 9.147501 9.147501 9.024720
2021-03-01 17:00:00 12.183940 7.506634 8.977359
2021-02-28 17:00:00 9.579334 9.579334 8.939468
2021-02-27 17:00:00 9.071866 9.071866 8.890464

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 32.275711 32.275711 29.853157
2021-03-04 17:00:00 29.535398 29.535398 29.648287
2021-03-03 17:00:00 25.704526 25.704526 29.410884
2021-03-02 17:00:00 45.085803 45.085803 28.926040
2021-03-01 17:00:00 58.088235 29.276316 28.643131
2021-02-28 17:00:00 65.432099 23.194748 28.303588
2021-02-27 17:00:00 25.274725 25.274725 28.484279

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 24.193548 24.193548 8.806189
2021-03-04 17:00:00 11.224490 11.224490 8.253520
2021-03-03 17:00:00 5.487805 5.487805 8.239598
2021-03-02 17:00:00 6.896552 6.896552 7.778725
2021-03-01 17:00:00 7.142857 7.142857 7.794295
2021-02-28 17:00:00 18.032787 5.464481 7.516880
2021-02-27 17:00:00 6.666667 6.666667 7.233538

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-05 17:00:00 34.573857 34.573857 31.276205
2021-03-04 17:00:00 35.883205 35.883205 31.068506
2021-03-03 17:00:00 33.030382 33.030382 30.752798
2021-03-02 17:00:00 29.554753 29.554753 30.806942
2021-03-01 17:00:00 34.795153 16.791980 30.233946
2021-02-28 17:00:00 30.417362 30.417362 29.845942
2021-02-27 17:00:00 32.830864 32.830864 29.901307

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.448662 16.240343 14.272625
Basilicata 16.683622 16.683622 13.825966
Calabria 9.785472 9.785472 8.399521
Campania 16.824532 16.824532 16.880670
Emilia-Romagna 40.218065 31.718498 34.546537
Friuli Venezia Giulia 20.300937 20.300937 17.024963
Lazio 7.073612 7.073612 7.096483
Liguria 13.223787 13.223787 12.619042
Lombardia 31.996561 31.996561 31.449103
Marche 21.953826 21.953826 16.422250
Molise 16.193853 16.193853 10.891628
P.A. Bolzano 63.888889 63.888889 58.152534
P.A. Trento 59.183673 59.183673 70.221142
Piemonte 16.878604 16.878604 20.554251
Puglia 27.175163 27.175163 24.346733
Sardegna 3.641571 3.641571 3.905473
Sicilia 11.988912 10.615668 10.703679
Toscana 9.608930 9.608930 9.161211
Umbria 32.275711 32.275711 29.853157
Valle d'Aosta 24.193548 24.193548 8.806189
Veneto 34.573857 34.573857 31.276205

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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